虽然说玩格斗游戏最舒服的还是使用街机摇杆，但是使用游戏手柄同样可以玩《拳皇》的。顺带一提的是，掌机玩《拳皇》与手柄类似，只不过按键可能没有手柄那么多。
主流手柄右侧绝大多数都是4个按键的，无论是索尼的圆圈、三角、叉、方块，还是微软的A、B、X、Y，这四个按键对应的都是《拳皇》中的四个基本按键轻拳，轻脚，重拳，重脚（默认）。除此之外手柄上还会有4个肩键，这四个按键主要作用是用来设置快捷键位的。
由于《拳皇》还是有很多招式需要多个按键组合使用的，因此很多玩家喜欢用肩键设置成多个按键的组合键。这样在拳脚方面基本上就没什么太大问题了。
关于方向指令，有的玩家喜欢使用左摇杆来操作，而有的玩家喜欢更精准的十字键操作，这两种都各有利弊，玩的好的高手实力不一定比使用街机摇杆玩家的实力低。
很多世界级的《拳皇》比赛中，除了自带摇杆的选手外，自带手柄的选手也是出现过的。
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