《神探狄仁杰第三部》讲述了唐朝时期大臣狄仁杰屡破奇案的故事，由《黑衣社》和《漕渠魅影》两个部分组成。
《黑衣社》剧情介绍：武周年间，正值盛世，然边事频仍，连年征战，守边将士军心不宁。军中缺饷，无力维持。此时的狄仁杰，正带领着李元芳和四大军头蜿蜒在去往凉州的山道中。狄公自连破崇州、蛇灵、江州等一系列大案后，几经恳请，终于得武皇允准回老家并州休养。他想于回家的路上，绕道去看望凉州刺史曾泰并向他辞别。想到老朋友，想到诗酒相会笑谈功过，想到回乡远离纷争的朝事，想到专心务农垂钓汾水，狄公倒是颇感欣慰。但李元芳耿直地向他指出，他没有这等享清福的命。《漕渠魅影》剧情介绍：雷鸣电闪，大雨如注。大运河长江通往淮水的邗沟水面波涛汹涌，白浪浊天。狂风暴雨之中，江淮盐铁转运使的运盐官船在邗沟覆没。一年之内，这已是第十五次了，数百运卒丧生，数百万石食盐没于水中。而朝廷派去查察此事的官员均是无功而返，更有甚者，出漕调查的水部郎中李翰竟然在任上自缢身死。由于盐运受阻，扬州西北各地都已经发生了盐荒。武则天急召狄仁杰进宫，任他为江南道黜置大使，兼江淮都转运使，察查邗沟覆船大案。狄公带领李元芳、曾泰赶赴扬州。
