混线生产运行形式与传统的生产组织相比，在机制、技术等方面具有更高程度的复杂性，具体如下：
（1）效率与柔性兼顾的矛盾问题
对具有一定批量的产品，其理想运行形式是刚性的专业化流水生产线，能够发挥批量生产优势并实现效率上的提升而对于单件小批的产品，其理想运行形式是机群式布局基础上的离散型制造业，强调对多品种的适应性，追求的是柔性。因此，效率与柔性兼顾是混线生产的基础矛盾。
（2）流水与离散作业模式的混合
混线生产要求流水与离散两种模式的混合。流水式生产强调资源集合的逻辑组合及生产节拍离散式生产强调资源的柔性配置。在多品种变批量生产模式转变过程中，传统的大批量生产方式需要重视效率，最终体现为流水与离散行业模式的混合。
（3）复杂的制造资源优化配置问题
首先需要解决在job-shop离散制造环境下，具有一定批量的产品生产任务，如何通过制造资源的逻辑组合形成一条虚拟的“短线”或“小流水”生产线。由于当前制造工艺并非面向批产规划，所有存在工序作业时间不均的现象，还必须同时保证流水生产节拍
