规则如下：
1、每场比赛双方主将相遇，另设定一局快棋。
2、比赛计分办法：比赛每场胜一局得2分，负一局得0分。局分高者场分记3分，局分少者得0分，局分相同时，则主将胜方场分得2分负方得1分。
3、名次计算：场分多者名次列前，场分相同比较局分，局分相同比较主将胜率，再相同则比较各队第一胜率（出场15场以上者）高者名次列前，依次比较直至比出名次。
4、甲级联赛的最后两名降入中国围棋乙级联赛，乙级联赛前两名升入甲级联赛。2006年起，联赛冠军和韩国的联赛冠军有一场冠军赛。
2018年后，中国围棋协会公布了围甲联赛赛制的改革方案，从以前的全年双循环比赛变更为单循环+季后赛的方式。具体方案：
1、常规赛为单循环十五轮，前八名进行季后赛争冠战，后八名进行季后赛保级战。
2、争冠战由常规赛第五名对第八名、第六名对第七名，胜者挑战第四名、第三名，再胜者挑战第一名、第二名，产生两支队伍进入总决赛保级战由常规赛第九名对第十二名、第十名对第十一名，胜者保级，败者对阵第十三名、第十四名，再败者对阵第十六名、第十五名，产生两支队伍降级。
3、争冠战、保级战采用主客场制，打平以第二场主将成绩决胜。常规赛排名在前的队伍第二场为主场。
4、总决赛及三四名、五六名决赛均采用三局两胜制。第七名起不再另行决出，根据常规赛名次排列先后。常规赛名次相同时，按照比较常规赛场分、局分、直胜、主将胜率、第一胜率(常规赛出场12场以上者)的顺序产生排名。
