扣除公积金。党费计算基数不包括以下项目：个人所得税，养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险、住房公积金（含个人和单位缴纳部分），职业年金、企业年金，住房补贴、交通补贴、公务用车补贴、通讯补贴、加班补贴、误餐补贴、取暖费、防暑降温费、物业费等改革性补贴，以及针对少数地区、部分单位、特殊岗位、部分人员发放的津贴补贴。
党员缴纳党费也是有缴费基数的，并且每个月的缴费基数不一定一致，根据党员本人的收入情况决定，一般情况下是按党员本人工资税后实际收入作为缴费基数，当然也包括扣除五险一金，公积金包括在内，按照税后实际收入确定缴费基数后，再决定缴费比例，按比例缴纳党费。
按月领取工资的共产党员，每月按工资收入的一定比例缴纳党费，但是工资收入要扣除五险一金（或五险两金）后再计算，公积金属于被扣除部分，所以，党费缴纳基数是要扣除公积金的。
