大兴国际机场的值机在地下一层、3层4层都有。大兴机场采用的是多点值机的设计理念，在航站楼的3层及4层，包括地下一层均规划有数量众多的值机柜台。在这几个层中分为国际值机和国内值机。4层有A岛和B岛是国内值机柜台，C岛G岛为国际值机柜台， H岛K岛为国内值机柜台。三层和地下一层均是国内部分航空公司的的值机柜台。
大兴机场三层:第三层是与国内安检平行的楼层，其中部可以进行自助取票、自助行李托运等服务。
大兴机场四层:第四层中部为国际办票柜台和行李托运，两侧则可以办理国内航空业务。
