1、
原因1:在制作过程中，为开放式操作，在这样的操作环境中，难免会接触很多其他的杂菌，其中主要的就是乳酸杆菌。乳酸菌为厌氧菌，利用糖类产生乳酸。乳酸杆菌和酵母菌的生长表现出拮抗性。而当乳酸杆菌大量生长后产生乳酸，醪液pH值降低，使酵母菌凝聚变性，最终引起酵母菌的死亡。
2、
醋酸菌也是主要的污染源。将酒精氧化为醋酸。
3、
除以上因操作的不注意而感染杂菌之外，还有便是蒸饭时未蒸透，淀粉糊化程度低，不利于根霉菌的生长，影响糖化步骤，直接后果——醪糟不甜。同时，某些能直接分解淀粉的杂菌也可能滋生。
