可以自留种子，但产量和质量都有影响。有机甜瓜由于品种不同，整枝方式也不同，但在选择最佳的遗传优势部位时，无论是三蔓还是四蔓式整枝，都以留主蔓的第二个瓜做种为好，侧蔓上瓜的遗传优势比不上主蔓上的瓜。实践证明，有机甜瓜主蔓上第二个瓜的种子，其发芽率可达100%。
甜瓜留种应选早熟、丰产的健壮母株、进行人工辅助授粉，或在田间放蜂传粉。每株只留茎蔓中部的2―3个头茬瓜，摘除其余雌花。成熟后进行田间初选，收获后进行复选， 随后将入选的果实种子加连胎座组织放进非金属容器内，经发酵2―3天后洗净、晒干、贮藏。
