故事主线:名侦探柯南』原名叫工藤新一，是一个高中生名侦探，在一次追查一个穿黑衣歹徒行径时，被设计强迫吃下毒药而致身体缩小成一个国小学生模样，为了使自己身体回复原状，计诱歹徒现身找到解药，工藤新一于是开始设法隐藏身份，有一天他在阿笠博士的家中恰好看到了书架上『江户川乱步 』全集，而他爸爸又『柯南道尔』的书迷，于是灵感一动，就以『江户川柯南』之名来掩饰身份。并住进女友小兰家里，想找出那些害他变小的黑衣人。又结识吉田步美等人，组成少年侦探团。并与大坂的高中生侦探服部平次成为好友。后药物设计者与他同样变小的灰员哀也加入进来。至今仍在寻找黑衣组织那些人……主线情节按顺序排列vol1 GIN&VODKA初次登场，让新一一夜之间缩水变成了柯南。变小后住进了小兰家里。vol2 《奇怪的寻亲杀人事件》宫野明美第一次也是最后一次正面出场。柯南对组织有了初步认识。vol3 兰第一次怀疑柯南的身份，阿笠博士帮忙解围。vol4 GIN&VODKA再次登场，柯南知道了二人的代号。vol10 新一再次登场！就此知道了感冒+白干能使他恢复原状，不过时间不长。vol12 龙舌兰登场，旋即被炸死。原来组织在寻找程序设计员。vol14 小兰再一次怀疑柯南身份，这次是有希子帮的忙。vol16 基德闪亮登场。究竟基德在柯南里只是客串还是最终会和主线联系上还是未知数。vol18 灰原登场亮相。柯南第一次知道了药的名字是aptx4869。药的资料却由于病毒完全给删除了19 从灰原那里得知了组织的计划始于半个世纪前，但究竟是什么不得而知了。“人是不能违逆时光洪流的”，这句话在后面还会出现。vol24 新出医生登场，谁也不会想到，一场看似普通的谋杀案竟然会为近二十卷之后才出现的情节埋下伏笔。峰回路转，高潮迭起的《与黑衣组织的再次重逢》！灰原解释了aptx4869原来是细胞程序性死亡。vermouth在这里第一次露面。皮斯克与灰原的父母很熟悉，药的开发在灰原父亲的时代就开始了。GIN提到了“那位先生”，在以后会经常出现。vol26 兰再一次怀疑柯南的身份，这一次的情节被很多柯迷奉为经典。vol27 茱蒂老师登场，身份可以的外国女人。vol28 在人鱼岛上发现了宫野志保的签名，究竟有何隐情vol29 vermouth再次露面，“黑的和黑的混在一起，只会变得更黑”。茱蒂，新出同时出现在了巴士上，令灰原感到了前所未有的恐惧。赤井秀一第一次登场。vol32 熊猫车事件，Mr Black登场。灰原在与赤井擦肩而过的瞬间竟然露出了恐惧。vol33 赤井出现在了佐藤相亲的地方，继而又在监视侦探事务所，究竟有何目的茱蒂老师提到“FBI”。vol34 vermouth的箭靶上贴上了柯南，兰，灰原的照片。柯南和平次去拜访茱蒂老师，可是神秘的女人还真不容易参透。vol35 金苹果事件隆重登场！时间回到一年前，当时的赤井还是一头长发。沙朗登场，她和有希子曾经同门学过易容。新一和兰救了杀人魔，一处精心准备的伏笔。vol37，38 白色的雪，黑暗的影子，黑衣组织再度出场，这次他们的目标是程序设计师板仓。柯南和GIN的第一次正面交手，柯南一度陷入危机，可最后不知是GIN放水还是疏忽，柯南侥幸逃过一劫。板仓的日记里内容丰富，有“态度高傲讨厌猫的女王”，还有“我们要违逆时光的洪流，让死人复活”。组织的目的起始浮出水面。vol41 可以的人物的活动更加频繁了，看不见的包围圈正一步一步缩小，于是灰原又感冒了。明美在人们的回忆里再度登场，留给了妹妹几盘录音带，可是内容只有灰原知道了。灰原的父母浮出水面，“Hell Angle”由此而来。vol42 满月之夜的二元推理！精彩的高潮，揭开了很多的密题，许多人物的身份水落石出，但是又提出了新的悬疑。vermouth的手机按键音成了日后剧情发展的新线索。vol46 原来那个手机按键音是《七个孩子》！vol48，49 与黑衣组织魔掌碰触的瞬间，组织的成员Kir，Chianti，Korn登场。本堂英佑登场，在以后的发展中，他和水无怜奈成为了主要线索。
