1、化学成分不一样
玛瑙，主要成分为二氧化硅，由于与水化二氧化硅（硅酸）交替而常重复成层。因其夹杂氧化金属，颜色可从极淡色以至暗色。用铁、钴、镍等盐类，任它们自然渗透于硅酸凝胶中，能人工制成"玛瑙"，天然玛瑙可能亦是在相似情形下生成的。
绿松石，一种含水的铜铝磷酸盐，归类于磷酸盐矿物。这是一种水流沉淀生成的矿物。绿松石在液态浸流沉淀生成的过程中颜色从蓝、绿色到浅绿、浅黄色。
2、产地不一样：
中国玛瑙产地分布也很广泛，几乎各省都有，著名产地有：云南、黑龙江逊克、辽宁、河北、新疆、宁夏、内蒙古等。
绿松石，北竹山县、郧西县、安徽马鞍山、陕西白河、河南淅川、新疆哈密、青海乌兰等地均有绿松石产出，其中以湖北郧县、郧西、竹山一带的优质绿松石为世界著名产地。
3、色泽不一样
各种级别的玛瑙，都以红、蓝、紫、粉红为最好，颜色要透亮，且应该无杂质、无沙心、无裂纹。
绿松石，天蓝色，极具特征性，以至于成了一种标准色----绿松石色。其余有深蓝、淡蓝、湖水蓝、蓝绿、苹果绿、黄绿、浅黄、浅灰色。铜导致了蓝色，铁在化学成分中可以替代部分铝，使绿松石呈现绿色，水的含量也影响着蓝色的色调。
