很困难。紫外线的穿透力非常弱。在完全透明的水中，只能穿透几厘米。而在有悬浮物或有颜色的水中，只能穿透几毫米。如果遇到阻挡，最多只能穿透几个细胞的厚度。杀灭细菌没问题，因为细菌都是单细胞生物。但小瓜虫、鞭毛虫等虽然微小，也是多细胞生物，很难在短时间内被水体中的紫外线杀灭。加上在水体中紫外线的穿透距离十分有限，所以靠紫外线杀灭水中的小瓜虫、鞭毛虫等生物可能性不大。
