一是与专项资金相关的项目存在报大建小的问题，项目完工后出现了资金结余。二是项目建设进度较慢，导致专项资金滞留在账面上。三是建设过程中缩减了项目规模，减少了专项资金投入。
专项资金未用完的原因有:
一是资金滞留在财政部门，拨款延迟导致。
二是资金滞留在相关主管单位实有资金户，即各主管单位在收到财政资金后未及时安排使用
三是资金滞留在各个乡镇，即资金拨付到镇、乡、甚至到村组后悬留账面未及时使用。
造成以上的原因有:
一是项目实施方案操作性不强。部分项目在争取资金时仅明确大致领域、方向，未细化到具体时间、地点、事项，以致“资金等待项目”
二是因项目实施进展缓慢或财政资金拨付手续繁琐，导致资金无法及时拨付。主要因素有：上级来文时间较晚影响施工进度项目未按计划实施或项目发生变化无法实施，资金无法拨付使用项目按计划实施，但资金拨付进度明显滞后等。
三是地方财政对经费保障力度不够，导致部分预算单位因项目前期费用缺乏，影响项目的正常开展。
一是专项资金拨付不及时.有关部门专款安排的时间与项目实施的时间相差甚远，影响了项目实施的进度，使项目难以发挥如期效益有些上一年度的专项资金在下一年度才拨付，专项资金未能及时下拨，结余过大，也会影响专项资金在当年发挥作用.
二是挤占、挪用专项资金.有些部门存在挤占挪用专项资金的现象，为了弥补单位公用经费不足和其他支出的需要，将专项资金用于发放奖金或补贴，还有的将招待费、物业管理费、法律咨询费等也用专项资金列支，使得难以充分发挥专项资金的作用.
三是未及时使用专项资金.一些单位和项目还有部分财政资金长期趴在账上，未能发挥资金效益.
