荆州博物馆的镇馆之宝有：越王勾践剑、曾侯乙尊盘、云梦睡虎地秦简、虎座鸟架鼓、郧县人头骨化石等等。
1、越王勾践剑
越王勾践剑，1965年出土于湖北江陵望山一号楚墓。剑长55.6厘米，宽5厘米，剑首向外翻卷呈圆盘形，内铸11道精细的同心圆，剑身满饰神秘的黑色菱形花纹，剑格的正面和反面分别用蓝色琉璃和绿松石镶嵌成美丽的纹饰，整个造型显得高贵、典雅。
2、曾侯乙尊盘
曾侯乙尊盘，1978年出土于湖北随州曾侯乙墓，由尊和盘两件器物组成，尊高30.1厘米，口径25厘米，盘高23.5厘米，口径58厘米。
3、云梦睡虎地秦简
1975年出土于湖北云梦，包括大量公元前221年秦统一中国前后的法律文献，是首次系统发现的秦律。秦律涉及农业生产、市场交易、徭役征发、官吏职掌、少数民族关系等各个方面，从中可以看出秦法已经达到了十分细密、详备的程度。秦律对汉代以及其后的中国传统法律产生了深远的影响。
4、虎座鸟架鼓
虎座鸟架鼓，2002年出土于湖北枣阳九连墩楚墓2号墓，年代为战国中晚期。该器物通高约136cm，宽134cm，两只背向踞坐的卧虎四肢屈伏于六蛇缠绕的长方形底座上，虎背各立一只长腿昂首、引吭高歌的凤鸟。背向而立的鸣凤中间，一面大鼓悬于凤冠之下，两只小虎后足蹬踏凤鸟背脊，前足上托鼓框。该器物通体髹黑漆，饰有红、黄、银白多色彩绘，稳重的虎座与飞扬的凤架彰显了楚文化的浪漫与神奇。
5、郧县人头骨化石
1989年和1990年，湖北省郧县青曲镇曲远河口的学堂梁子，分别发现和出土了两具震撼世界的距今约100万年的完整的古人类头骨化石，被著名的古人类学家、中科院院士贾兰坡先生称为“国宝”，并依据古人类命名的规则，命名为“郧县人”。两具头骨化石保存了完整的脑颅和基本完整的面颅，其面部特征与中国和亚洲已发现的古人类化石一致。经专家研究、鉴定后认为，这是距今100万年左右的直立人。
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荆州博物馆“镇馆之宝”是2000年的不腐男尸。
这座男尸是迄今发现的时代最早的一具古尸。出土时古尸外形基本完整，身长1、66米，体重52、5公斤。皮肤、肌肉等软组织均有弹性，四肢大小关节亦可活动，32颗牙齿齐全且牢固，鼻道畅通，左耳鼓膜犹存，脑壳完整，脑膜血管清晰，内脏器官齐全，骨骼正常，皮下胶原纤维保存良好，与新鲜组织非常接近，体内的蛋白质、脂肪、糖类等也有不同程度的保存。甚至还被测出其血型为AB型。据墓中出土文字记载，死者名“遂”，江陵人氏，官居“五大夫”，下葬于汉文帝十三年。
