棘龙科包含两个亚科：重爪龙亚科、棘龙亚科。棘龙亚科是由塞里诺在1998年所命名，并由汤玛斯·荷兹（Thomas R. Holtz Jr.）等人在2004年定义为：亲缘关系较接近埃及棘龙，而离沃克氏重爪龙较远的所有物种。重爪龙亚科则是由查理格（Alan J. Charig）与Angela C. Milner在1986年所建立，它们为了新发现的重爪龙属建立了重爪龙科与重爪龙亚科后来重爪龙被发现与棘龙科有关。汤玛斯·荷兹等人在2004年将重爪龙亚科定义为：亲缘关系较接近沃克氏重爪龙，而离埃及棘龙较远的所有物种。
棘龙科Spinosauridae
重爪龙亚科 Baryonychinae
重爪龙 Baryonyx
似鳄龙 Suchomimus
鳄龙 Suchosaurus
棘龙亚科 Spinosaurinae
暹罗龙 Siamosaurus（存在争议）
扶绥中国上龙 Sinopliosaurus fusuiensis（存在争议，可能属于鱼猎龙）
鱼猎龙 Ichthyovenator
激龙 Irritator
棘龙 Spinosaurus
奥沙拉龙 Oxalaia（无效属，被棘龙属合并）
