马云国籍为中国，且不拥有永久境外居留权。
2014年前后，有媒体报道称，马云已通过投资移民落户香港，已正式成为香港永久居民。报道称，马云自己曾透露，已在港置业，希望晚年在香港度过。
对此，阿里巴巴通过微博否认称，马云户口在杭州，移民香港消息不实，马云本人以后也将不会移民别处。随后，马云本人也发布声明称自己没有移民打算，做“杭州佬”挺好，没有任何改变现状的计划。
