①彻底清塘消毒，加注不带隐藻的新鲜水：由于隐藻比其它藻类具有更强的竞争力，因此控制措施以预防为主、防重于治。彻底清塘消毒可有效杀灭隐藻、降低基数，可减少大规模发生的可能。同时应注意避免随加水带入隐藻，对控制隐藻也有积极意义。
②定期换鲜水：对于含有较多隐藻的池塘，经常大量地换新鲜水，可稀释隐藻的浓度。同时也稀释了隐藻分泌的毒物浓度，促进其它藻类的生长和保持整个生态系统的动态平衡。当隐藻大量发生时，可选用杀藻药物局部杀藻，三天后重新培养藻类。
③放养一定数量的滤食性鱼类：虽然隐藻不易被消化，但由于其颗粒较大，更容易被滤食性鱼类摄食到体内，在一定程度上延缓、阻碍了隐藻的生长。可供选择的鱼类有白鲢、花鲢、白鲫等。实践表明放养一定数量的滤食性鱼类时，基本不会爆发隐藻。
隐藻为主的黑色水质如果保持稳定，鱼类一样生长良好，如果过度繁殖会有倒藻风险，换水方便的池塘可以大换水，引进藻相好的水源之后根据池塘水体情况进行处理之后培藻肥水。
2、定时使用增氧机：这是使用增氧机主要有两种情况：一是晴天中、下午开增氧机，主要的目的是曝气，降低气泡病的发生概率二是夜晚开增氧机，增氧机在夜晚12点后开，主要的目的是增加池塘溶解氧，避免缺氧泛池。
3、隐藻过度繁殖，导致池塘水黑时，可以先用有益菌（解毒培藻素、超效益菌宝、光合细菌）进行分解，同时使用底藻源分解底部有机质，需要分解1-2天。
之后根据池塘水黑的情况进行判断是否进行培藻，如果池塘的水色还是比较黑就需要继续用菌分解，如果水色不黑了可以使用藻平衡素、藻动力改善营养结构，辅助培藻，为后期的培藻做铺垫。
隐藻的处理。隐藻偏多导致水体不稳定容易倒藻，由于藻类过多先杀部分然后重新培藻。处理方案，第一天：上午杀藻(强氯精)下风口三分之一。下午解毒肥水养水宝＋肥6＋磷肥。
