以债务合同主体为准。当然，由哪个公司签订的债务合同，形成了欠款，就由哪个公司归还，不管有几个营业执照，没有签订债务合同的公司不存在有欠款的事情，也不需要归还欠款的义务。
即使法人、股东是同一个人，也是谁家签订的债务合同，谁还钱。
