洗舱常见的是先用海水清洗，再用淡水清洗，由此产生的洗舱废水。洗舱废水含有重油、液压油、多种金属、硫分、洗涤液、海水、淡水等污染物，是生化难以降解的成分。除了经处理达标排放的以外，任何时候都不能直接将废水直接排入水体。
清洗后的水先由其自然沉淀，产生油水分层后，再由接收船临时储存，转移到港口预处理。
再用一体化臭氧曝气生物滤池—曝气生物滤池组合工艺对二级生化处理后废水进行深度处理，处理后出水水质需达到《生活杂用水水质标准》（CJ/T 48—1999）要求，可回用作消防与绿化用水。
