市民阶层在意识形态层次的作用，首先表现在士林风气上。封建社会“学而优则仕”是读书人唯一的出路，“万般皆下品，惟有读书高”成了士人标榜的信条。到了明季，仕途未明而弃儒经商者比比皆是。
其次，市民阶层兴起对晚明学术的影响，晚明学术一大特点是启蒙思潮对人性的解放。如果说欧洲文艺复兴时代的哲学文艺是市民阶层的产物，那么晚明的新思潮可以看作是知识阶层和市民阶层互相交流融汇的结果。中国的启蒙思想家李贽、王夫之，黄宗羲，顾炎武，等人都从各自的角度阐释新的经济条件下对上层建筑、意识形态的变革要求。他们把学术同时政相联系，提出“经世致用”的思想，与市民阶层要求参政议政的社会思潮相一致。
除反抗封建礼教这点之外，市民阶层的思想意识具有“对友谊和忠义的崇拜”、“劝善戒恶的道德观”等特点。市民阶层的意识形态已在相当程度上突破了主流的儒家思想与宗法文化，即使简陋，毕竟开始构建自己的价值系统。
最后，市民阶层兴起促使世俗文学的发展。大夫文人长期盘桓于都会市廛，混杂于市井众生之间。久之耳闻目染下，他们的生活方式、人生态度、价值观念、审美情趣，渐渐与市民阶层有更大的接近。这一时期世俗文学的创作达到了高峰，说明了知识分子把更多的注意力投向市民阶层，了解市井百姓的生活状况，生活情趣，熟悉大众的语言，甚至商业行情
