一、含义不同
体系：泛指一定范围内或同类的事物按照一定的秩序和内部联系组合而成的整体，是不同系统组成的系统。
制度：也称规章制度是国家机关、社会团体、企事业单位，为了维护正常的工作、劳动、学习、生活的秩序，保证国家各项政策的顺利执行和各项工作的正常开展，依照法律、法令、政策而制订的具有法规性或指导性与约束力的应用文，是各种行政法规、章程、制度、公约的总称。
在一定历史条件下形成的法令、礼俗等规范是一种人们有目的建构的存在物。是要求大家共同遵守的办事规程或行动准则。
二、涉及领域不同
1、体系即涉及社会生活，也涉及热力学术
在热力学中，体系是与周围其他部分区分开来的根据需要的研究的对象。
敞开体系：体系与环境之间既有能量转换，又有物质交换。
封闭体系：体系与环境之间有能量转换，没有物质交换。
孤立体系：体系与环境之间既无能量转换，又无物质交换。
2、是社会科学里面的概念。用社会科学的角度来理解，制度泛指以规则或运作模式，规范个体行动的一种社会结构。这些规则蕴含着社会的价值，其运行表彰着一个社会的秩序。建制的概念被广泛应用到社会学、政治学及经济学的范畴之中。
三、包含内容不同
1、组成体系的是不同的个体，有区别也有联系。
2、制度包括规范，规则，法令礼俗等。
