功能和建成时间不一样。
大同站是大同最早建成的车站，早期负责大同铁路的运营。大同南站是近几年建成的，建成以后承担了很多新开的线路，大大减轻了大同站的运输压力。从功能上看，大同站以火车运营为主，大同南站则负责很多高铁、动车的运营。
大同站为铁路运行，也叫火车运作，而大同南站是高速铁路，也称高铁，两站的位置不同，大同站位于城北，也称大同火车站，大同南站位于大同开源桥以南。另外运输工具不同，高铁的运行速度远远大于普通铁路，现在为方便快捷，首先高铁。
