三趾箱龟是杂食性。以浆果、蕈类、蚯蚓、蜗牛和昆虫为主食。人工饲养下一般可喂食50%动物性蛋白质如蟋蟀、面包虫、小鱼等，40%青菜和水果，10%的野草如苜蓿或蒲公英等。食量很大。会在枯叶、原木以及一些哺乳动物的巢穴附近觅食，有时甚至会吃动物腐尸。
