有区别，而且有很大的区别，商务局和工商局是两个不同的部门，同时这两个单位的工作职能也不一样，商务局主要是负责商品生产和流通环节存在的问题，以及具有监督检查的职能工商局，也就是现在的市场监督管理局，除了未生产流通企业办理营业执照之外还可以，对生产销售假冒伪劣产品作出行政处罚
