结局是回到了木叶开孤儿院
药师兜在与佐助和鼬的战斗中陷入幻术伊邪那美。最后重拾自我，破解了幻术伊邪那美，然后药师兜前往了第四次忍界大战的战场治疗濒死的佐助。然后在第四次忍界大战结束后被允许在木叶开设孤儿院，回到自己最向往的生活。
