1、两者的形态不同：
叶绿体的形态为网状、带状、裂片状和星形，线粒体的形态为球状、棒状或细丝状颗粒
2、两者的功能不同：
叶绿体的功能为叶绿体吸收光能，使之转变为化学能，同时利用二氧化碳和水制造有机物并释放氧气，线粒体的功能是负责最终氧化，分别对应有氧呼吸的第二、三阶段
3、两者的大小不同：
叶绿体的长径5-10um，短径2-4um，厚度2-3um，线粒体的大小为0.5-1.0μm，长1-2μm。
它们的作用和内部组成不同。叶绿体是绿色椭球形，内部由基粒和基质组成，它是进行光合作用主要场所线粒体是椭球形，内部由内膜向内凹陷成脊和基质组成，是进行有氧呼吸二、三阶段的主要场所。
