1、采用避光、避辐射、不透气的包装材料进行密闭封装，尽可能地抽真空包装或充惰性气体包装。冻干食品应保存在密闭容器内，包装材料应不透气、不透光，故一般不用透明包装材料。
2、防止强氧化剂的污染，特别是铜、铁的污染。
3、防震防压以免冻干制品的破碎。由于冻干食品易碎，故应采用能防止产品发生机械性损伤的包装材料，如金属罐、玻璃瓶等。此外，运输时应防止机械振动，以保护固体物料的形状。另外，可以使用瓦楞纸、褶皱塑料或泡沫塑料等吸震材料，或填充氮气密封包装，以增加抗震能力。
4、储存温度越低越好，最好低于20℃。由于冻干食品的吸湿性和易氧化性，因此，冻干终了时最好使用干燥氮气（或二氧化碳等惰性气体）使干燥室恢复常压通常的做法是使用操作间的干燥洁净的空气来恢复冻干机干燥室的常压，冻干食品取出后，应立刻在干燥洁净的操作间进行包装密封。
冷冻干燥的样品放低温冰箱只是前期预冻的过程，也可以选择用冻干机（冷冻干燥机）预冻，这样还节省了低温冰箱的成本，以及不会产生物料移动位置过程中的溶化
