因为青辣椒中含有叶绿素和辣椒红素，前者的含量高时，会掩盖后者的颜色，是青椒显绿色。 但叶绿素易分解，远没有辣红素稳定，所以时间一长，叶绿素渐渐分解，只剩辣红素了，青椒就变红了。
花瓣、果实常显示出红色、黄色、蓝色和紫色，它们都是溶解于液泡的色素所显示的颜色。花青素的颜色可随液泡中的酸碱度不同而变化，液泡为碱性时显蓝色，中性时显紫色，酸性时显红色。青椒所呈现的颜色改变是因其细胞中所含的各种色素含量和比例改变的反映。
青辣椒采下来后个体还是活的，在放置的过程中经过了后熟，产生了一些的激素，如乙烯利等，进而产生了辣椒红素，显现为红色。但如果采下来的青椒成熟度不够的话，它有可能不会变红，在放置了一段时间之后就直接烂掉了。
