初次培养一般都使用选择培养基和非选择培养基。
1）非选择培养基：本培养基使分离的厌氧菌不被抑制，几乎能培养出所有的厌氧菌。常使用心脑浸液琼脂（BHI）、布氏琼脂（BR）、胰豆胨肝粉琼脂（GAM）、胰胨酵母琼脂（EG）、CDC厌氧血琼脂等。
2）选择培养基：为有目的选择常见厌氧菌株，以便尽快确定厌氧的种类。
