溪吻虾虎体长为40～60毫米，约10～15克左右。
体延长，前部近圆筒形，后部侧扁背缘浅弧形隆起，腹缘稍平直尾柄较长，其长大于体高。头中大，稍平扁，头宽等于或稍大于头高。头部具5个感觉管孔。颊部稍凸出，具3纵行感觉乳突线。吻短而圆钝，吻长为眼径的1.2～1.8倍。
溪吻虾虎鱼是典型的淡水虾虎种类，最大体长不超过5cm，是小型的虾虎种类，虽然个头小，但是外表还是霸气十足，经常会张着嘴仰天长啸，以此来示威
