主要区别是龟甲处理结果不同：第一，醋龟甲是以龟甲、醋为主料制作的方剂第二，而龟甲是没有通过人工制作的普通龟甲。
醋龟甲主要由角质和骨质等有机质组成，一般为白底黑斑或黄底暗褐色斑。色斑多呈褐、黄、黄褐及黑色。在受热时分泌出一种粘膜，所以在一定温度和压力下可以将龟甲碎片粘结成大块材料，龟甲具可切性，易于加工和雕刻。龟甲会被硝酸腐蚀，但遇盐酸无反应。
