玄奘寺和妈祖庙不是一家。因为南京市九华山玄奘寺,位于南京市主城区内玄武湖旁边的九华山上,供奉唐代高僧玄奘法师,保存有玄奘法师头顶骨舍利。而妈姐则是渔民广泛信奉的保护神,保佑渔民出海平安顺利渔获满满,福建省莆田市的妈祖庙,则是供奉妈祖的。因此,玄奘寺和妈祖庙不是一家。