在大结局里有许许多多的疑点，看到这些疑点的时候，初始很不明白，但是后来想想估计就是这样。
1、首先至尊宝是孙悟空的转世，六耳则是样子和孙悟空一模一样（电视剧为了区分所以样子并不一样）。当时孙悟空触犯天条被天庭的人抓走后，本来打算直接派孙悟空护送唐僧去取经。然而玉帝把天书写错了，写成了孙悟空要死。幸亏在神话世界死是一件很正常的事情，还可以补救。只要把孙悟空的灵魂直接抽出来，丢进地府转世成至尊宝。身体放进金刚圈里保留，让早已经触犯天条的六耳变成孙悟空的样子顶替取经，所以刚开始你会发现六耳真的很弱，因为这是他自己的身体。
2、在大话西游里有两条时间线，第一条是没有至尊宝的500年前，第二条是有至尊宝的500年前。至尊宝就降生在第一条时间线里，而且这一条时间线是玉帝故意用月光宝盒弄出来的。在孙悟空转世成至尊宝后，玉帝带着至尊宝来到500年后，让他在这里遇上白晶晶，拿到月光宝盒，因白晶晶之死，不断重复使用月光宝盒让玉帝找到机会暗中施法，使时空穿梭出现偏差，去到第二条时间线，500年前。
3、在第一条时间线里，由于没有至尊宝的存在。唐僧为了六耳一命还一命死了，转世为朱八和三十娘的孩子。牛魔王依旧要吃唐僧，但是找不到唐僧，所以抓了唐僧的徒弟。最后唐僧的徒弟也死了，分别转世成了二当家和三当家。由于牛魔王惧怕观音没参加六耳与观音的大战，所以不知道六耳被抓上天庭，唐僧已死。而是认为六耳想要独享唐僧，所以在500年后，听到消息，知道孙悟空在盘丝洞，就过来找麻烦了。第二条时间线就是我们在电视剧里看到的。
4、在最后大结局的时候，白晶晶认为至尊宝最爱的女人不是她后，逃婚了。春三十娘上门找麻烦，在杀死了葡萄等人后，在至尊宝的要求下，快速的一件刺死了至尊宝。所以当他带上金刚圈的时候，他就已经是个灵魂体了，所以能够轻而易举的接收孙悟空的身体，怎么证明他当时是灵魂体呢？当时他在跟观音对话时，已经死掉的葡萄来到他的旁边，试问一个普通人怎么能看到一个还不算是鬼的灵魂呢？何况刚死的人，也不会有显形的能力吧。而且，当时他是这么跟葡萄说的，你们先去投胎吧，我在这还有点事没做完，也就是说，假若没有这事发生的话，他也会和葡萄一起去投胎。
4、为什么青霞听到紫霞要死的时候那么激动，神仙，就算肉体死了，灵魂也不会死，还可以转世重修。首先在神话世界里，太阳不止是太阳，太阳里有太阳真火，太阳真火拥有着抹杀灵魂的功效。所以青霞不能接受。六耳又愿意补偿青霞，所以青霞就和六耳合谋，青霞替紫霞去死，六耳替至尊宝去取经。
6、青霞去替紫霞死，六耳去上了孙悟空的身体。有人说元神转换哪有那么简单，事实就非常简单，孙悟空的元神被抓去投胎的时候，佛祖肯定有帮忙，佛祖的实力肯定比孙悟空的实力高，抽取元神就很简单了。至于六耳和至尊宝转换元神的时候更简单，要知道，这身体是孙悟空的，不是至尊宝的，虽然至尊宝是孙悟空的转世，但是对于至尊宝来说，这孙悟空就是一个陌生的身体，毕竟至尊宝归根结底只是转世而已，并不是孙悟空。六耳再怎么弱，那也是六耳，怎么滴也比一个凡人强吧，要挤出一个凡人的灵魂，没有比这更加简单的了。
7、在最后城墙上那幕，至尊宝已经不是至尊宝了，紫霞也不在是紫霞了。因为他们已经再次转世了，怎么回事呢？当时六耳拿出月光宝盒之后，岛上的居民包括至尊宝，紫霞都被月光宝盒吸走了。除了当事人之外，其他穿越者全都会丢失记忆。至尊宝被挤出身体后，只是一个灵魂，被吸走后，当然去投胎了。紫霞呢？紫霞早已说过，她和青霞被牛魔王封印了法力，虽然还能用，却很弱。当时紫霞被封印了法力后本来就是虚弱状态，还被牛魔王一刀刺中。在加上穿越前环境也不好，穿越后重伤不治身亡很正常。并且穿越的时候，除了当事人之外，其他人有机率，穿越的不是同一个时间。而且除了当事人之外，其他人并不会保存记忆。
8、就好像唐僧四徒除了孙悟空之外，他们穿越的时间要早很多，没发现唐僧的啰嗦都改了吗。所以至尊宝和紫霞并不认识，但是还是因为缘分走到了一起，所以最后紫霞和至尊宝看到六耳后，并没有认出唐僧四徒。因为六耳使用月光宝盒，所以连带牛魔王，也一起穿越了。妖族没有了牛魔王这个大佬，所以妖族逐渐没了。
