1、口味不同
花椒的麻味较轻，香味重，常用来和肉类一起烹饪，可以增加香气，清除肉类的腥味和哈味藤椒的香味比花椒清香，麻味较花椒柔和清新，不刺激，没有青花椒等苦涩味。
2、果实不同
藤椒和花椒的果实都是暗红色，两者成熟后，藤椒果皮表面有很明显的瘤状物，而花椒果皮表面则比较光滑。而等果实晒干之后，藤椒的颜色是褐色，花椒的颜色则是红色。
3、颜色不同
花椒在生时为青色，成熟之后为红棕色或暗红色，颜色很重，其中的籽为黑色，有散生微凸起的油点藤椒的果实是青绿色和绿色的，成熟之后，果实的颜色会从青绿色渐渐变成微微的黄绿色，籽为黑色。
4、叶片不同
藤椒和花椒的叶片也有很大的区别，藤椒的叶片相对较薄，一般树枝的叶柄上往往长有3-5片叶片，叶片的形状多为羽毛形状。而花椒的叶片则相对较厚，叶片数量也比藤椒更多，树枝上一般长有7-9片叶片，甚至多的可以达到11-13片叶片。
5.功效不同
花椒可除各种肉类的腥气，促进唾液分泌，增加食欲，同时花椒可使血管扩张，从而起到降低血压的作用。一般人群均能食用，孕妇，阴虚火旺者忌食。据《本草纲目》记载：藤椒果入药具有散寒解毒，散淤活络，消食健胃，增竟食欲之疗效，藤椒苗果实可制干，提取香油，即：藤椒油，它具有调味，健脾。祛风散寒之功效。良种藤椒出油率更高，现在藤椒医用价值也是非常高的，可用于提取麻醉剂。
6、树形不同
藤椒和花椒的外观是不同的，一般来说花椒树的树冠要比较松散一些，树木的枝条也要比粗壮一些。而藤椒树则与花椒不同，藤椒树的树冠要紧簇一些，而且枝条要更细一些。
