最常见的内含子是GT-AG内含子，以GT开头，以AG结尾，这就是著名的GT-AG规则-AG规则主要适用于(或是全部)真核生物基因的剪接位点.但不适用于线粒体、叶绿体和酵母tRNA基因转录后的加工.
还有一种AT-AC内含子，以AT开头，以AC结尾。
内含子是基因内的间隔序列，不出现在成熟的RNA分子中，在转录后通过加工被切除.大多数真核生物的基因都有内含子.需注意的是，在古细菌中也有内含子.
GT-AG-内含子：最常见的内含子是所谓的GT-AG-内含子。它以GU开头并以AG结尾。 AT-AC-内含子：AT-AC-内含子则是以AU开头，AC结尾。
