1、形态特征不同：
海苔直立草本，高可达1米，根细长，茎上部和分枝具纵稜，分枝有时有极狭的翅
石花菜扁平直立，丛生成羽状分枝，小枝对生或互生，各分枝末端急尖，一般高10至30厘米
2、生长环境不同：
海苔生长在海拔400至2300米的草坡或林下
石花菜生长在海里的珊瑚礁上，喜欢生长在水质清净、潮流通畅、盐度较高的海域
