《敦煌本纪》以生活在敦煌沙洲城内三大家族的兴衰，主要是义庄索家的衰败和胡家的崛起为线索，描写了发生在河西走廊，特别是以佛光圣地莫高窟和凡尘俗世沙州城及城外二十三坊为背景的一系列跌宕起伏，惊心动魄的历史事件。
塑造了以义庄庄主索敞、小商人胡恩可、开元寺主持印光等为首的老一辈敦煌人，和以胡梵义、胡梵同、陈小喊、拖音等为首的一群精良纯明的热血少年们，为了佛光之地的安宁和血脉相承的义勇，与管家丁荣猫、连公子、索朗等为首的黑暗势力斗智斗勇的热烈悲壮的故事。
