1 在于它们所需的氧气量不同。2 厌氧菌是指在缺氧或极低氧气条件下生存的微生物，它们不需要氧气来代谢，能够利用无机化合物进行呼吸作用，产生能量和废物。而好氧菌则需要氧气来进行代谢，将有机物氧化成二氧化碳和水释放能量。3 在鱼缸中，厌氧菌主要分解底部的有机物质，如鱼粪、残饵等，产生氨、硫化氢等有害物质，需要好氧菌进一步将其转化为无害的硝酸盐等物质，因此在鱼缸中同时存在厌氧菌和好氧菌是非常重要的。
两者之间最明显的区别是一个好氧一个厌氧，因为这个差异，好氧的硝化细菌在我们的鱼缸里经常用，而厌氧的光合细菌主要应用于水产养殖，特殊情况下也用在鱼缸里。
再有就是硝化细菌怕光，而光合细菌的光合作用却离不开光照。
他们的区别：一个是在无氧的环境中生长，一个在有氧的环境中生长。
厌氧菌分为两类，其中一类是必须在无氧条件下才能生长，称专性厌氧菌，如甲烷菌和破伤风杆菌等另一类是在有氧环境中生活得更好，在无氧条件下也能生活，称兼性厌氧菌，如大肠杆菌(Escherichia coil)和产气肠杆菌(Enterobacter aerogenes)等。
好氧细菌，又称吸氧菌。有完整的呼吸链、含超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶、必须在有氧环境下生活的细菌。在有氧环境中生长繁殖，氧化有机物或无机物的产能代谢过程，以分子氧为最终电子受体，进行有氧呼吸。
厌氧菌通常是指一群只能在无氧或低氧条件下生长和繁殖，利用厌氧呼吸和发酵获取能量的细菌的总称，可引起人体任何组织和器官的感染
