1、概念不同：
酵素是一种酶，是一种可以影响人体各种化学反应物质益生菌是对人体有益的菌类，是一种生物。
2、范围不同：
酵素是一种酶，且分好多种，每种的作用不同，作用范围比较小益生菌主要通过改善肠道菌群，许多作用都是肠道菌群改善的以后的结果，作用要比酵素大一点。
3、作用不同：
益生菌可以调节人体肠道的菌群酵素只能对消化不良有所改善，效果会比益生菌的效果差一点。
