药品经营许可证网上申请流程如下：
1、提出申请：向所在地的省级食品药品监督管理局提出筹建申请
2、递交材料：递交与所申请经营类型相关的材料
3、材料补正：受理部门根据不同情形进行处理，并告知申请单位补正材料
4、审核阶段：审核周期为30个工作日
5、资质发放：对符合条件的单位发放药品经营许可证。从申请到筹建需要一段较长的周期。
《药品经营许可证管理办法》
第三条
国家食品药品监督管理总局主管全国药品经营许可的监督管理工作。
省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门负责本辖区内药品批发企业《药品经营许可证》发证、换证、变更和日常监督管理工作，并指导和监督下级食品药品监督管理部门开展《药品经营许可证》的监督管理工作。
设区的市级食品药品监督管理部门或省、自治区、直辖市食品药品监督管理部门直接设置的县级食品药品监督管理部门负责本辖区内药品零售企业《药品经营许可证》发证、换证、变更和日常监督管理等工作。
