南昌工程学院拥有瑶湖和彭桥两个校区。
彭桥校区始建于1958年，位于南昌市青山湖区江大南路58号，校区占地面积约123亩。其中，生活区占地面积约50亩，教学区占地面积约73亩总建筑面积约85000㎡，教学用房建筑面积约60000㎡，教工住宅建筑面积约25000㎡。2015年彭桥校区恢复办学规划启动，2018年8月校区改造完成。
重建后的彭桥校区教学条件良好，教学设备优良。校区教学楼、实验室、图书馆等教学实验设备齐全，礼堂、学生宿舍、食堂、多媒体、全覆盖校园网、医务室等综合服务完备，校区建有标准化体育场、篮球场，涵盖田径、足球、篮球、军事训练等各类体育项目和器材，满足学生日常训练需要。
彭桥校区以士官学院教育教学为主，以继续教育学习为辅，大学科技园入驻。校区遵循“统一领导，部门负责，综合协调”的管理原则，采取学校各职能部门工作职能延伸管理的模式。
现校区士官学院有专任教师65人，其中教授12人、副教授32人，具有博士16人、硕士36人，是学校定向为部队培养士官生的主要基地。校区继续教育学院是学校成人函授教育、自学考试、培训工作管理的职能部门，截止2018年3月，成人函授教育在籍学员5000余人、自学考试800余人，共培养成人高等教育毕业生35000余人，干部培训、教师资职培训规模稳步提升。同时，校区是大学科技园的主园区，目前有60家科技型中小企业入驻。园区为国家大学科技园、国家众创空间、江西省科技企业孵化器、江西省小型微型企业创业创新示范基地，是服务师生的创新创业基地和学生的实践基地。
