1999年4月，经市政府批准，北京市大型物资运输公司（以下简称大件公司）、北京市通达汽车公司（以下简称通达公司）共同投资创办北京市第一家由社会兴办的股份制城市公交客运企业——运通公司，经营运通101线（望京小区——三义庙）、运通102线（赵公口——六里桥）和运通103线（木樨园——西直门）。
2002年7月，北京祥龙资产经营有限公司（以下简称祥龙公司）所属部分企业并入运通公司。该公司注册资本金增加到4720万元，增车200多辆，新开、调整、延长线路6条。
2005年11月11日，运通公司更名为北京祥龙公交客运有限公司（以下简称祥龙公交）。当月，祥龙公交第一次获得政府燃油补贴，自此企业纳入政府实施财政补贴扶持的范畴。
2007年，祥龙公交提前淘汰2000年购置投产的80辆长江牌汽油黄标车，黄标车全部退出运营更新购置柴油空调公交车100辆，运营公交车辆总数828辆新辟3条线路，置换1条线路，调整7条线路，线路总长度694公里。
