程序文件是在质量管理体系中质量手册的下一级文件层次，规定某项工作的一般过程。再下一级文件层次是作业指导书。程序文件存储的是程序，包括源程序和可执行程序。这里的程序与计算机技术中的程序并不相同，程序在这里指是为完成某项活动所规定的方法。
管理制度是组织、机构、单位管理的工具，对一定的管理机制、管理原则、管理方法以及管理机构设置的规范。它是实施一定的管理行为的依据，是社会再生产过程顺利进行的保证。合理的管理制度可以简化管理过程，提高管理效率。
管理办法是综合性的规定，是指导性或指令性的规定，而程序文件侧重于一件事物的程序要求，做事的顺序规定，管理办法是列入手册一级文件，程序文件是第二级层次的文件。
