一、地理位置不同
1、南京南站位于江苏省南京市雨花台区，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的客运站，是南京铁路枢纽的重要组成部分，也是华东地区最大的交通枢纽，国家铁道枢纽站，是亚洲第一大火车站和亚洲第一大高铁站。
2、南京站位于江苏省南京市玄武区，是中国铁路上海局集团有限公司管辖的客运一等站，是南京铁路枢纽的重要组成部分。
二、建设的时间不同
1、南京南站规划于1991年，地处南京南部新城的核心区2007年底前规划设计方案选定，北靠雨花台风景区、南临秦淮新河、西接牛首山2008年1月正式开工2011年6月28日南京南站及北广场投入使用2015年1月南广场启用。
2、南京站始建于清光绪三十一年（1905年），原址位于南京下关地区于1968年9月迁入现址，与南京长江大桥同时建成投入使用于2005年7月中旬完成车站改建工程并率先采用“高进低出”的方式，成为中国各地火车站新建改建的范本于2014年8月启用新建的北站房和北广场。
三、建筑面积不同
1、南京南站截至2018年6月，南京南站占地约70万平方米，总建筑面积约45.8万平方米，总投资超过300亿元人民币，其中主站房面积达28.15万平方米。
2、南京站截至2017年底，南京站占地面积120万平方米，总建筑面积约10万平方米，南站房客流高峰期每小时可容纳1万名旅客候车，北站房客流高峰期每小时可容纳6415名旅客候车，站场规模为8台16线。
南京是指整个大南京，也就是南京市南京南则是指南京的南部地区。在过去几十年前，南京人就把建邺区以南的部分看做是南京南，那里人讲话的口音与它的北部地区，有明显的不同。
南京站、镇江站，是各自城市市区的老火车站，同时也是沪宁城际高铁的车站。
南站，都在城市的南边，是京沪高铁的车站，没有普通火车。
