现在个体企业组织结构是多元化的。人数较多的设经理层，有总经理，副总经理，下设执行机构，如技术组，人事组，财务室，生产室等。人数较少的企业，法人同时也是经理，只设一名财务或销售人员。更少的个体企业，法人，经理，运输，连同财务都是一个人，不设立任何执行机构。
