区别主要是沁色为自然形成，染色是人为做色形成。沁色是由于古玉埋藏在地下，经过长时间地下环境影响和侵蚀，逐渐在古玉表面以及内部凝结形成。染色是采用特殊方法，人为在玉石表面着色处理形成的。在古玉鉴定时，会判别古玉沁色的真伪。染色，缺少颜色的浓淡轻重的过渡，在玉石表面变化僵化，而真的沁色则是过渡自然、渐变的。
玉被埋入土中后，由于长期受水和其他矿物质的作用，将发生质地和颜色的变化，鉴别家称这种现象为“沁色”。大量的考古发现，证实了玉器久埋地下易发生钙化的现象，其严重者钙化透彻，通体呈灰白色。一般来说，钙化深透的玉器，其年代不会太晚。所以钙质及其他沁色被古玉鉴别人员当作鉴别古玉真伪的重要依据。
人染色的古玉会在短期内对古玉的某些部位进行通染色，但是这种颜色往往与玉质的颜色没有很好的融合和衔接，就像是生硬地沾染在上面的。
