属于两个不同的名词，有明显区别。建档立卡主要指的是建档立卡贫困户，新农合是新型农村合作医疗保险。这属于两个不同的名词，实际上新型农村合作医疗缴费是针对建档立卡贫困户是免费的，还有特困户、残疾人等部分特殊人群，少缴费或免缴费，具体的缴费政策要根据地方县级政府的标准执行。
建档立卡和新农合是两个不同的概念，千万不能混淆。所谓建档立卡，指的是2013年开始全国在识别认定贫困户的过程中，对于达不到国家相关脱贫标准而认定为贫困户的家庭所建立相应的扶贫档案，确定具体的包扶人员，并将包扶人员的有关信息和包抓的时限等制作成卡片，贴在包扶对象家显眼的墙上，已备上级监督检查之用。
新农合指的是新型农村合作医疗的简称。新农合的参保实行以家庭为单位，全员参保，每年缴费。凡是参加新农合的家庭，家中成员在当年因病或者其他原因住院治疗的，按照国家规定给予一定标准的补助。
