总工程师改任副总经理主要区别在于分管负责的领域不同，总工程师是一个技术职称或职位，享受副总经理待遇，主要是负责公司技术方面的工作，而副总经理是公司领导班子成员，分管包括行政后勤、生产经营、贸易销售、人力资源、财务资产、科技开发等等在内的多个部门或领域的工作。
区别有三
一是跨行业的区别。
二是由单一的技术专业管理转向至少有两个以上的业务范围的管理。
三是总工程师承担的企业发展压力比副总经理小。
总工程师属于专业技术类的副总，享受副总经理的经济待遇。副总经理是行政待遇，比总工程师的行政级别高。所以总工程师改任副总经理实际上提拔。
