电影碟中谍2和3除了主角一样外，没有其他联系，两部影片讲述的是完全不同的故事。
碟中谍2讲述的是IMF小组成员在找寻被盗的致命病毒时接二连三被杀，整个特工队的任务受阻。伊森·亨特对此事进行调查，发现原来这一切都是恐怖分子头目肖恩·安布罗斯一手组织策划的。伊森·亨特和老搭档路瑟便开始追踪安布罗斯，历尽千辛万苦终于彻底终结了安布罗斯的诡计，胜利完成了任务。
碟中谍3讲述超级特工伊森准备淡出IMF原有的工作，隐姓埋名并开始筹备婚礼。然而伊森的得意弟子被军火商欧文·戴维安挟持。在特工部领导的再三劝说下，伊森再次组建特工小组，率领老朋友：电脑天才卢瑟、爱尔兰语言专家德克兰以及美女特工珍3人与冷酷的恶魔戴维安决一死战。
