不会。
一般情况下带公章上地铁是不会被查的,地铁安检一般检查危险物品,比如管制刀具之类的,公章不属于被检查的范围之内。
但是如果有单位的公章不见了,报警了,带着公章上地铁有可能会被查的,因为有可能你的公章不是你的公章,涉嫌违法的另行检查。