上海水库的水源来自长江、太湖流域。
上海饮用水源水30%来自长江,70%来自黄浦江。上海位于太湖流域的下游,太湖各个湖区水质不同,而流入黄浦江的太湖水主要来自水质较好的东太湖区,东太湖是经由太浦河和吴淞江进入黄浦江,黄浦江是潮汐河。